政府管理学院的学科渊源可以追溯到1921年成立的国立东南大学、中央大学政治学系和1924年成立的私立金陵大学政治学系，至今已有近百年的历史。1986年，南京大学复建政治学系，之后于2002年成立公共管理学院，2009年更名为政府管理学院。经过复建后30余年的改革发展，学院在学科建设、人才培养、队伍建设、科学研究、社会服务等方面取得了显著成就，现已成为国内高校中实力较强和特色鲜明的政治学和公共管理研究重镇之一。